Ege Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Kısmı Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz’ın yürütücülüğünü yaptığı, Hacettepe Üniversitesi öğretim üyesi Prof. Dr. Güneş Esendağlı, Ege Üniversitesi öğretim üyesi Doç. Dr. Ayşe Caner, Antalya Bilim Üniversitesi öğretim üyesi Doç. Dr. Hilal Kazan’ın araştırmacı olarak yer aldığı “Tümörle ilişkili makrofajların plastisitelerinde alternatif transkript izoformlarının biyobelirteç özelliklerinin tek hücre RNA sekanslama yaklaşımı ile araştırılması’ başlıklı proje, Türkiye Sıhhat Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Araştırma ve Geliştirme Projelerini Destekleme Programı kapsamında takviye aldı.
Ege Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Necdet Budak, üretken bilim insanı Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz’ı tebrik ederek muvaffakiyetler diledi.
Proje ile ilgili bilgi veren Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz, “Dokuların homeostazını sağlama, patojenlere karşı savunma ve doku zedelenmesi daha sonrası iyileşmede rol almalarıyla bilinen makrofajlar polarize alt kümeleri tümör dokusu içine infiltre olarak da tümörü destekleyici ya da önleyici roller alabilmektedirler. Bu farklılaşmış rolleri tetikleyen yahut işlevler ortası geçişgenliği sağlayan temel moleküler düzenekler çabucak hemen büsbütün açıklık kazanmamıştır. Makrofajların işlevsel olarak özelleşmeleri ile micro RNAların ilişkili bulunması 3’-UTR üzerinden regülasyonların varlığını işaret etmekte ve alternatif poliadenilasyon ile oluşan transkript izoformlarının tespit edilmesinin kıymeti vurgulamaktadır. Tek hücre RNA sekanslama teknolojilerinin ilerlemesi ile birlikle bu bağlantıların moleküler niçinleri doku gürültüsünden uzaklaşmış̧, misal genetik programa sahip hücre cinsleri üzerinde araştırılma imkânı bulmaktadır. Bu proje makrofaj polarizasyonu ile oburlaşan işlevsel alt hücre kümelerine mahsus alternatif poliadenilasyon profillerinin tespit edilmesi ve bu özelleşmiş̧ kümelerin tümör mikro etrafındaki dağılımının belirlenmesini amaçlamaktadır” diye konuştu.
Araştırmanın gayelerinden bahseden Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz, “Tek hücre sekanslama bilgilerinden alternatif poliadenilasyon dataları açısından ele alabilen biyoinformatik tahlil algoritmaları geliştirmektir. Geliştirilecek modellerde referans verisi olarak kullanılmak üzere makrofaj polarizasyonu deneyleri gerçekleştirmektir. Küçük hücreli dışı akciğer kanseri tümör mikro etrafında tümörle bağlantılı makrofajların özelleşmiş̧ alt kümelerinde biyobelirteç olma potansiyelindeki transkript farklılaşmalarını incelemektir ”dedi.
Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz, “Bu çalışmada planlanan tek hücre sekanslama bilgilerini özelleşmiş̧ alt makrofaj kümelerinin karakterizasyonu gayesiyle farklı bir bakış açısı ile biyoinformatik açıdan işleme projenin özgün yaklaşımıdır. Küresel transkriptom ölçekte özelleşmiş makrofaj alt kümelerinin UTR uzunluğu değişimleri ile potansiyel mikro RNA temelli regülasyonlar içinde münasebet kurulması açısı çalışmanın bir başka özgün kıymetidir. Ayrıyeten makrofaj polarizasyonu ardından üretilecek tek hücre RNA sekans bilgileri TAM’ların aydınlatılmasında bir referans modeli olarak kullanılacak olması projenin kıymetli bir özgün yaklaşımıdır. Bu proje ile tümörle bağlantılı makrofajların alt kümelerinin biyomarkörleri olma potansiyelinde transkriptomik farklılıkların tek hücre sekanslama bilgileri ile elde edilme imkânı sağlanmaktadır. Biyoinformatik algoritma geliştirme süreci, denetimli deney ile referans verisi üretimi, hücre alt kümelerini belirleyen model geliştirilmesi ve geliştirilen modelin tümör biyopsi meselade test edilmesi halinde 4 ana safhadan oluşan proje 9 iş paketi içermektedir. 24 ay ortasında tamamlanması planlanan bu proje çeşitli basamaklarında Ege Üniversitesi, Hacettepe Üniversitesi ve Antalya Bilim Üniversitesi iş birliği yardımıyla gerçekleştirilecek olup çok interdisipliner alanların (biyoinformatik, bilgisayar mühendisliği, immünoloji, moleküler onkoloji) etkileşimi ve akademik üretkenliğini artıracaktır. Son teknoloji moleküler tekniklerden tek hücre RNA sekanslama formlarının en düşük maliyetli ve yüksek verimlilikte bir metodunu ülkemizde birinci sefer uygulama fırsatı verecek bu proje bu istikametiyle de teknoloji transferi imkânı sunma potansiyeliyle ve ülkemize hem ekonomik tıpkı vakitte akademik açıdan büyük katkılar sağlayacaktır. Ayrıyeten projenin biyoinformatik geliştirme ve laboratuvar tecrübelerinde etkin rol alacak lisansüstü ve doktora öğrencilerini yetiştirme istikametiyle de akademiye katkısı olacaktır” diye konuştu.
Kaynak: (BYZHA) – Beyaz Haber Ajansı
Ege Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Necdet Budak, üretken bilim insanı Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz’ı tebrik ederek muvaffakiyetler diledi.
Proje ile ilgili bilgi veren Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz, “Dokuların homeostazını sağlama, patojenlere karşı savunma ve doku zedelenmesi daha sonrası iyileşmede rol almalarıyla bilinen makrofajlar polarize alt kümeleri tümör dokusu içine infiltre olarak da tümörü destekleyici ya da önleyici roller alabilmektedirler. Bu farklılaşmış rolleri tetikleyen yahut işlevler ortası geçişgenliği sağlayan temel moleküler düzenekler çabucak hemen büsbütün açıklık kazanmamıştır. Makrofajların işlevsel olarak özelleşmeleri ile micro RNAların ilişkili bulunması 3’-UTR üzerinden regülasyonların varlığını işaret etmekte ve alternatif poliadenilasyon ile oluşan transkript izoformlarının tespit edilmesinin kıymeti vurgulamaktadır. Tek hücre RNA sekanslama teknolojilerinin ilerlemesi ile birlikle bu bağlantıların moleküler niçinleri doku gürültüsünden uzaklaşmış̧, misal genetik programa sahip hücre cinsleri üzerinde araştırılma imkânı bulmaktadır. Bu proje makrofaj polarizasyonu ile oburlaşan işlevsel alt hücre kümelerine mahsus alternatif poliadenilasyon profillerinin tespit edilmesi ve bu özelleşmiş̧ kümelerin tümör mikro etrafındaki dağılımının belirlenmesini amaçlamaktadır” diye konuştu.
Araştırmanın gayelerinden bahseden Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz, “Tek hücre sekanslama bilgilerinden alternatif poliadenilasyon dataları açısından ele alabilen biyoinformatik tahlil algoritmaları geliştirmektir. Geliştirilecek modellerde referans verisi olarak kullanılmak üzere makrofaj polarizasyonu deneyleri gerçekleştirmektir. Küçük hücreli dışı akciğer kanseri tümör mikro etrafında tümörle bağlantılı makrofajların özelleşmiş̧ alt kümelerinde biyobelirteç olma potansiyelindeki transkript farklılaşmalarını incelemektir ”dedi.
Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz, “Bu çalışmada planlanan tek hücre sekanslama bilgilerini özelleşmiş̧ alt makrofaj kümelerinin karakterizasyonu gayesiyle farklı bir bakış açısı ile biyoinformatik açıdan işleme projenin özgün yaklaşımıdır. Küresel transkriptom ölçekte özelleşmiş makrofaj alt kümelerinin UTR uzunluğu değişimleri ile potansiyel mikro RNA temelli regülasyonlar içinde münasebet kurulması açısı çalışmanın bir başka özgün kıymetidir. Ayrıyeten makrofaj polarizasyonu ardından üretilecek tek hücre RNA sekans bilgileri TAM’ların aydınlatılmasında bir referans modeli olarak kullanılacak olması projenin kıymetli bir özgün yaklaşımıdır. Bu proje ile tümörle bağlantılı makrofajların alt kümelerinin biyomarkörleri olma potansiyelinde transkriptomik farklılıkların tek hücre sekanslama bilgileri ile elde edilme imkânı sağlanmaktadır. Biyoinformatik algoritma geliştirme süreci, denetimli deney ile referans verisi üretimi, hücre alt kümelerini belirleyen model geliştirilmesi ve geliştirilen modelin tümör biyopsi meselade test edilmesi halinde 4 ana safhadan oluşan proje 9 iş paketi içermektedir. 24 ay ortasında tamamlanması planlanan bu proje çeşitli basamaklarında Ege Üniversitesi, Hacettepe Üniversitesi ve Antalya Bilim Üniversitesi iş birliği yardımıyla gerçekleştirilecek olup çok interdisipliner alanların (biyoinformatik, bilgisayar mühendisliği, immünoloji, moleküler onkoloji) etkileşimi ve akademik üretkenliğini artıracaktır. Son teknoloji moleküler tekniklerden tek hücre RNA sekanslama formlarının en düşük maliyetli ve yüksek verimlilikte bir metodunu ülkemizde birinci sefer uygulama fırsatı verecek bu proje bu istikametiyle de teknoloji transferi imkânı sunma potansiyeliyle ve ülkemize hem ekonomik tıpkı vakitte akademik açıdan büyük katkılar sağlayacaktır. Ayrıyeten projenin biyoinformatik geliştirme ve laboratuvar tecrübelerinde etkin rol alacak lisansüstü ve doktora öğrencilerini yetiştirme istikametiyle de akademiye katkısı olacaktır” diye konuştu.
Kaynak: (BYZHA) – Beyaz Haber Ajansı